Orjinal başlık: Improved clinical utility of preimplantation genetic testing through the integration of ploidy and common pathogenic microdeletions analyses
Yazarlar: S Caroselli, M Figliuzzi, L Picchetta, F Cogo, P Zambon, I Pergher, L Girardi, C Patassini, M Poli, D Bakalova, D Cimadomo, N Findikli, O Coban:, M Serdarogullari, F Favero, S Bortolato, A Anastasi, F Capodanno, A Gallinelli, F Brancati, L Rienzi, FM Ubaldi, J Jimenez-Almazán, D Blesa-Jarque, J Miravet-Valenciano, C Rubio, C Simòn, A Capalbo
Bu çalışmada,; Kopya sayısı anöploidilerinin ötesinde kromozomal anormallikler, yani ploidi düzeyi ve mikrodelesyonlar (MD’ler) gibi, preimplantasyon genetik test (PGT) platformu kullanılarak tespit edilebilir mi? sorusuna yanıt aradık.
Çalışma amacıyla 45 yaş altında kendi yumurta ve spermlerini kullanan yani normal tüp bebek tedavisi kullanan çiftlere ait embriyolar kullanıldı. Daha önce analiz edilmiş ve ploidi durumu bilinen 164 embriyoda sık görülen 9 adet mikrodelesyon (MD) sendromu test edildi. Bu test için 28 pozitif ve 97 negatif kontrol kullanıldı. Ayrıca, normal döllenme (2pn) embriyolardan gelişen 100 adet genetik olarak normal ve 99 adet genetik açıdan normal olduğu halde transfer sonrası düşük ile sonuçlanan embriyo ya ait bilgiler analiz edildi.
Sonuçlar
Analitik doğrulama aşamasında, bu strateji ploidi sınıflandırmasında (100%, CI: 98.1–100%) ve sekiz MD’den altısının tanımlanmasında (99.2%, CI: 98.5–99.8%) son derece yüksek doğruluk gösterdi. Heterozigotluğun kaybına (LOH) dayalı MD tespitini iyileştirmek için, ortak haploblokalar, referans bir populasyondaki haplotip frekansına ve LOH sıklığına dayalı olarak analiz edildi, bu da iki daha fazla matematik modelin geliştirilmesine yol açtı. Sonuç olarak, chr1p36 ve chr4p16.3 bölgeleri, düşük güvenilirlikleri nedeniyle MD tanımlamasından hariç tutuldu, aynı zamanda MD tanımlamasını artırmak için ebeveyn DNA bilgisi içeren klinik bir iş akışı geliştirildi. Klinik uygulama aşamasında, 2PN türetilmiş blastositler arasında bir triploidilik vakası (i) ve düşükle sonuçlanan transfer edilmiş embriyo biyopsi örneklerinde retroaktif olarak tanımlanan bir patojenik MD (-22q11.21) bulundu (ii). İkinci durumda, aile tabanlı analiz, farklı kardeş embriyolarda (n = 2/5) aynı MD’yi ortaya koyarak, taşıyıcı olmayan ebeveynlerden gelen dişi partnerde germline mosaizmin varlığını öne sürdü. Embriyolar genetik yapılarına göre transfer için seçildiğinde, bu strateji, anöploidi ötesinde ploidi anormallikleri ve/veya MD’leri olan embriyoları tanımlayabilir, euploid embriyolar arasında %1.5’lik bir tahmini insidansla (n = 3/202, 95% CI: 0.5–4.5%). SINIRLAMALAR, DİKKAT EDİLMESİ GEREKEN NEDENLER Epidemiyolojik çalışmalar, preimplantasyon embriyolarında ve özellikle euploid düşüklerde ploidi değişiklikleri ve MD’lerin insidansını doğru bir şekilde değerlendirmek için gereklidir. Geliştirilen testin yüksek doğruluğuna rağmen, tanı çağrısını desteklemek için ebeveyn DNA’nın kullanımı, testin hassasiyetini daha da artırabilir
SONUÇLAR VE UYGULAMAYA KATKILARI
Bu yeni test, genellikle invaziv prenatal testlerle daha sonra değerlendirilen genomik bozukluklardan sorumlu olan en yaygın patojenik MD’leri (hem yeni oluşan hem de miras alınanları) entegre ederek PGT-A’nın klinik kullanımını önemli ölçüde genişletmektedir. Temel araştırma açısından, bu yaklaşım, aksi takdirde euploid embriyoların implantasyon başarısızlığı ve gebelik kaybı ile ilgili genetikle ilgili temel biyolojik ve klinik soruları açıklamaya yardımcı olacaktır.
